Büyükbabası, İstanbul Cinayet Mahkemesi ve İstinâf Reisliğinden emekli, İkinci Abdülhamîd Han’a Ermenilerce girişilen suikastin tarihî muhakemesini yapan ve Mecelleyi kaleme alan heyet içinde imzası bulunduğu için, 6 Ekim 1902’de “Legion d’honneur” nişaniyle ödüllendirilen vekâr ve ciddiyet timsali Mehmet Hilmi Efendi’dir. (öl. 19 Mayıs 1916)
Necip Fazıl, ilk dinî telkin ve terbiyesini, tek oğlunun tek oğlu olarak Mehmet Hilmi Efendi’den aldı; okuyup yazmayı henüz 5-6 yaşlarındayken ondan öğrendi. Birçok şiirinin ana imajını ve ruhî kaynağını teşkil eden “yakıcı bir hayal kuvveti, marazi bir hassasiyet, dehşetli bir korku” şeklinde özetlediği ve hastalıktan hastalığa geçtiği ilk çocukluk yıllarını, çocukluk hâtıralarının kaynaştığı bir “tütsü çanağı” olan, büyükbabasına ait
Çemberlitaş’taki Konak’ta geçirdi.
Büyükbabası Mehmet Hilmi Efendi’den sonra, haşarılığının önüne geçmek için onu 5-6 yaşlarında bir sürü “abur cubur” romanla tanıştıran, eski Halep Valisi, Zaptiye Nazırı Salim Paşa’nın kızı, büyükannesi Zafer Hanım, ruhi yapısını başka hassasiyetler açısından etkilemekte büyük pay sahibi oldu. Bir yaş küçüğü kız kardeşi Selma ile büyük babasının ölümü ise, onu dışarıdan etkileyen çocukluk günlerine ait asla unutamayacağı iki hadiseyi teşkil etti.
Bahriye Mektebi’ne gireceği 1916 senesine kadar Büyükdere’de Emin Efendi isimli sarıklı bir hocanın işlettiği mahalle mektebinden başlayarak çeşitli okullara devam etti. Fransız Papaz ve Kumkapı’daki Amerikan kolejinin ardından Serasker Rıza Paşa yalısındaki Rehber-i İttihad mektebine verildi. Yatılı olan bu mektepte de fazla kalamayınca, bir süre için Büyük Reşit Paşa Numûne mektebine ve seferberlik sebebiyle gidilen Gebze’nin Aydınlı köyünde, köyün ilk mektebine yazıldı. İlk mektebi, Heybeliada Numûne Mektebi’nde bitirdi.
